Podle dochovaných pramenů dochází k založení sportovního klubu ve Vodňanech dne 19. října 1896. Jeho název byl Bruslařsko-veslařský klub zábavný. Zmínky o kopané se datují od roku 1904–1905.

Dne 24. září 1919 se stává vodňanská kopaná následníkem Bruslařsko-veslařského klubu. Sportovní klub nese od té doby iniciály SK. Byly zvoleny klubové barvy – modrá a bílá.
První úspěch zaznamenali dorostenci, kteří v roce 1936 získali titul mistra jižních Čech.
Rok 1942 se ukázal jako nejúspěšnější v dosavadní historii našeho klubu, protože jak první mužstvo, tak dorostenci získávají mistrovské tituly v jihočeské župě.
V roce 1944 vybojovalo vybojovalo mužstvo nejen titul jihočeské župy, ale také postup do Divize českého venkova, tehdy druhé nejvyšší soutěže.
V roce 1948 se stává náš dorost potřetí mistrem jižních Čech.
Mistrem Jihočeského kraje se mužstvo dospělých stává opět v roce 1956.
Na další divizi se potom čekalo hodně dlouho. Až v sezóně 1982/1983 získává mužstvo titul krajského přeborníka a třetí divizní účast.
Na další postup do divize čekal SK až do roku 1995. Mužstvo bojovalo v divizi pět sezon v řadě.
V sezóně 2001/2002 vyhrál dorost 1.A třídu a postoupil do krajského přeboru a B mužstvo postupuje z okresního přeboru do 1.B třídy.
V sezóně 2002/2003 se stala mladší přípravka přeborníkem okresu.
V sezóně 2013/2014 vyhrál dorost 1.A třídu a postoupil do krajského přeboru.
V sezóně 2014/2015 vyhráli žáci 1.A třídu a postoupili do krajského přeboru. Muži B vyhráli okresní přebor a postoupili do 1.B třídy.
V současné době hraje A mužstvo 1.A třídu.